Matías Goñi nació en Navarra, España en 1648, entró a la Compañía de Jesús en 1670, y años después fue destinado a servir en la Nueva España. Estuvo en las misiones de Yécora en 1677, en cuya fundación participó, y en 1679, año en que se ordenó en la ciudad de México, estuvo en Nío; tiempo después fue mandado a California y finalmente se fue a Guadalajara, en donde falleció.
Por los años de 1683 a 1685 formó parte de las expediciones que el almirante Isidro Atondo y Antillón hizo a Baja California, las cuales se narran en el capítulo destinado al padre Eusebio Francisco Kino, con quien estuvo primero en La Paz, y después en la colonia y misión de San Bruno, al norte de Loreto. El propósito de los viajes realizados era fundar misiones para la evangelización de los naturales, y buscar un sitio adecuado en la costa del Océano Pacífico para establecer un puerto que sirviera de escala al galeón procedente de las Islas Filipinas.

Los pescadores de perlas eran buzos indígenas contratados por un “armador” o empresario perlero que a principios de junio buscaban el producto en los placeres del Golfo de California. Generalmente llevaban una red como bolsa para echar las conchas, y una estaca atada a la cintura para defenderse de la mantarraya que podía atacarlos.
Dos navíos con un numeroso contingente zarparon de Chacala hacia California vía Mazatlán, en la media noche del 17 de enero de 1683, y el 1º de abril de ese año llegaron a su destino inicial, en lo que hoy es La Paz. Al principio de su estancia en ese lugar, los viajeros no tuvieron mucho problema para atraer a los nativos con las acostumbradas dádivas, y llevaron a cabo algunos reconocimientos de las regiones cercanas.
El padre Matías Goñi acompañó al almirante Atondo junto con algunos soldados hacia el país habitado por los coras, de filiación guaycura, y el misionero empezó a estudiar seriamente el idioma de estos indios, mientras que Kino hacía lo propio con otra variante de esa lengua1. Sin embargo, la falta de alimentos y una creciente hostilidad de los nativos provocada por los mismos españoles, creó, según la opinión de muchos expedicionarios, una situación insostenible como se menciona en otra parte de este libro.
A fines de junio de 1683, para resolver la situación de acuerdo con la opinión de la mayoría, Atondo citó a un Consejo de Guerra para decidir si se quedaban o se iban y los únicos que no manifestaron temor ni deseos de abandonar la colonia fueron los padres Goñi y Kino. En estas críticas circunstancias, los expedicionarios tuvieron que regresar a las costas de Sinaloa, reabastecerse y dirigir sus exploraciones ahora al norte de Loreto en la región que llamaron San Bruno, en donde empezaron a formar una colonia el 5 de octubre.
Desde San Bruno se hicieron importantes exploraciones, en algunas de las cuales estuvo el padre Goñi, aunque no participó en la más importante, cuando salieron de San Bruno el 14 de diciembre de 1684 al litoral del Océano Pacífico, atravesando la sierra de La Giganta. Una de las salidas en las que el padre Goñi sí acompañó al almirante Atondo fue la que se hizo tratando de llegar a Bahía Magdalena; en este viaje que comenzó el 16 de febrero de 1685, iban 21 soldados, un arriero y herrero, un esclavo, cuatro indios cristianos de tierra firme, varios indios amigos de San Bruno, y una recua de mulas con provisiones para veinticinco días2.
La expedición la encabezaban Atondo y Goñi, ya que Kino se había quedado en San Bruno*,* y se dirigió primero a San Dionisio que sería su base de operaciones. Los exploradores regresaron a San Bruno vía San Dionisio el 6 de marzo de 1685, sin haber llegado a su destino por la fatiga de los animales y lo difícil del terreno. En el viaje se recorrieron unos 160 kilómetros, se tocaron unas 25 rancherías, algunas con una población de 200 a 400 personas, a quienes Atondo describe así: …los nativos eran corpulentos, robustos, de buena presencia, y más numerosos que ningunos antes vistos en California. Era notable que tenían casas, pequeños jacales de ramas y matorrales. Esta era una novedad…3.
Para este tiempo, una sequía de 18 meses impedía una mínima producción agrícola, el escorbuto hacía presa de muchos soldados, se necesitaban provisiones, los pozos de agua de San Bruno se habían salado, y los misioneros reportaban la realización de muy pocos bautizos. La situación que se menciona distaba mucho de las expectativas puestas en las expediciones, sobre todo después de un gasto muy elevado del erario real. Esto decidió a Atondo a abandonar California y esperar tiempos mejores, por lo que el 6 de mayo de 1685 salieron los maltrechos colonos en dos navíos, uno hacia la costa de Sonora y el otro a Sinaloa, a donde llegaron el día diez.
Todavía Atondo realizó otra expedición el 14 de julio primero hacia La Paz y después a otros lugares con la intención de sacar perlas, lo cual podría inclinar otra vez el interés del rey por la colonización de California. Aunque en ocasiones se obtuvieron perlas de buena calidad, algunas de las cuales fueron obtenidas de mujeres indígenas que las intercambiaban con los españoles por cuchillos y otras baratijas, el beneficio neto nunca justificó el gasto y esfuerzo realizados. Siempre en busca de víveres y equipo, Atondo y Goñi viajaron varias veces a Sinaloa, en donde finalmente el misionero prefirió quedarse. Para octubre Atondo se había regresado a Matanchel, la empresa había sido otro fracaso, y Goñi la resumió diciendo que no se habían sacado más perlas porque sencillamente no había más. El otro misionero de aquellas expediciones, el padre Copart, se fue a Guadalajara al igual que Kino, y así se cerró uno de los primeros capítulos en que se intentó colonizar la península. Pedro Matías Goñi murió en Guadalajara el 21 de febrero de 1712.